使わなくなった特許はどうしてますか?

特許の売買マーケットはまだ発展途上です。特許の価値が高いアメリカでも気軽に特許を現金化できるマーケットが存在しない理由の1つとして、そのような売却マーケットの主な買い手が、権利行使を目的としたnon-practicing entities (NPEs)だったことにあります。

アメリカ特許は海外のソフトウェア侵害にも適用されるのか?

特許には管轄があり、原則アメリカの特許はアメリカでのみ効力があって、日本では効力がありません。しかし、最高裁によるWesternGeco判決の今後の影響によってはアメリカの特許で海外のソフトウェア侵害による賠償金を得られるようになるかもしれません。